I Batteri responsabili delle infezioni nella Discinesia Ciliare  Primaria sono sostanzialmente gli stessi che si ritrovano nella popolazione generale e quindi anche la scelta dell’antibiotico è sovrapponibile. Bronchite cronica, broncopolmonite , rinosinusite acuta, otite media acuta  e persistente, sono sostenute da H. influenzae, S. Pneumoniae, M. catarralis, e quindi l’antibiotico di prima scelta è l’amoxicillina + ac. clavulanico, seguito in seconda posizione dalle cefalosporine, eventualmente per via parenterale, tipo ceftriaxone.
A questa impostazione utile in tutta la popolazione infantile i relatori aggiungono i macrolidi come antibiotici di prima scelta nella polmonite dalla 3° settimana al 3° mese di vita. In questo modo si colpisce è vero una eventuale polmonite da Clamidia Tracomathis, peraltro ben diagnosticabile sia sul piano clinico che di laboratorio, ma si lascia scoperta la causa di gran lunga più frequente di polmonite anche a questa età e cioè lo Pneumococco.
I macrolidi così detti a largo spettro (Claritromicina ed Azitromicina) ritornano in aggiunta alla terapia antibatterica specifica anche nella rinosinusite cronica (per alcuni mesi), nell’otorrea persistente (per periodi più o meno lunghi), nelle bronchiectasie (azitromicina 3 volte alla settimana per mesi). In tutte queste situazioni i macrolidi non agirebbero da antibatterici ma inibendo la formazione del biofilm prodotto dai batteri stessi per proteggersi  sia dall’azione degli antibiotici che dalle difese immunitarie dell’ospite. Un'altra  modalità d’azione  dei macrolidi è quella antinfiammatoria utilizzata soprattutto nelle bronchiectasie in analogia a quanto si fa nella Fibrosi Cistica.
Dalle due ultime relazioni si trae l’impressione che da un lato si tenti di difendere il ruolo macrolidi malgrado il loro obiettivo principale, i Batteri Atipici, siano raramente in causa nel bambino e che dall’altro si tenti di rilanciarli non solo come inibitori della formazione del  biofilm ma anche come antiflogistici. Tutto questo potrebbe essere accettato come una positiva novità se non comportasse un aumento delle resistenze agli antibiotici nel momento in cui si fa sempre più impellente la necessità di limitarne l’uso (Dancer SJ. Attention prescribers: be careful with antibiotics Lancet. 2007; 369: 442-443).